Основными направлениями сотрудничества Управление здравоохранения г.Алматы и Казахстанский медицинский университет «ВШОЗ» определили: 

« … Консолидация усилий, направленных на эффективную реализацию Государственной программы развития здравоохранения Республики Казахстан «Денсаулық» на 2016-2019 годы и Программы развития «Алматы-2020».

    Формирование и развитие службы общественного здравоохранения, основанной на интеграции всех уровней оказания медицинской помощи, направленной на сохранение и укрепление здоровья населения, повышение эффективности оказываемых медицинских услуг.

   Достижение высоких результатов в области совершенствования и развития национальной системы здравоохранения на местном уровне путем интеграции образования, науки и практического здравоохранения.

  Методическое сопровождение технологий интеграции всех служб здравоохранения города Алматы вокруг нужд населения на основе модернизации и приоритетного развития ПМСП – ключевого регулятора в развитии потенциала здоровья и качества жизни населения.

    Организация и проведение мероприятий, направленных на повышение качества медицинской помощи населению.

    Оказание высококвалифицированной медицинской помощи жителям г.Алматы на основе совместного использования кадровых и материально-технических ресурсов Университета и медицинских организаций города Алматы.

  Внедрение инструментов солидарности и ответственности за здоровье в системе обязательного социального медицинского страхования. 

    Систематический подход к оценке технологий здравоохранения. Внедрение системы долгосрочного прогнозирования и моделирования влияния причинно–следственных связей между состоянием здоровья населения и воздействия факторов риска, основанной на системном анализе и оценке риска для здоровья населения.

   Содействие в развитии инфраструктуры здравоохранения г.Алматы, обеспечение ее дальнейшего развития на основе государственно-частного партнерства и современных информационно-коммуникационных технологий. 

   Совершенствование механизмов управления здравоохранением г.Алматы путем развития лидерства и навыков профессионального менеджмента. Формирование института корпоративного управления. 

   Подготовка конкурентоспособных менеджеров, отвечающих потребностям сферы здравоохранения. Формирование кадрового резерва специалистов общественного здравоохранения и менеджеров всех уровней. 

   Обеспечение непрерывного профессионального развития медицинских кадров путем предоставления востребованных образовательных программам, мастер-классов, тренингов, проведения конференций, семинаров, совместных публикаций в медицинских изданиях по приоритетным направлениям Государственной программы развития здравоохранения Республики Казахстан «Денсаулық» на 2016-2019годы и Программы развития «Алматы-2020».

   Проведение аналитических, экспертных ,консалтинговых работ в решение проблем нового общественного здравоохранения с внедрением результатов в практическое здравоохранение. 

  Обеспечение подготовки здравоохранения г.Алматы (кадры, сеть и структура) к Универсиаде 2017г. 

  Реализация мероприятий по включению г.Алматы в проект  ЕРБ ВОЗ «Здоровый город», определяющего инструменты, технологии межсекторального интегрированного  подхода к охране здоровья населения и обеспечивающего позиционирование Казахстана в международном сообществе».